além de concordar vou citar que no caso da rastreabilidade a matriz com os requisitos de fato não é feita. Poderia mas num projeto ágil não faz muito sentido, afinal como você citou os testes vão cobrir os problemas gerados pela mudança e serão corrigidos naturalmente.

No caso de código a ligação entre as histórias basta um sistema de tracking com um gerenciador de versão para fazer. Tarefas são feitas em cima de histórias e código é gerado por essas tarefas. Se a tarefa for cobrado nos comentários ou num campo para o sgv acabou o problema. Uma solução assim já deve bastar para boa parte dos projetos que vemos por aí …